使用颈椎消融手术治疗的方法，如果使用不当可能会加速颈椎的不稳定，射频消融如果消融的范围过大，会使颈椎的椎间盘塌陷加速，颈椎的退变、颈椎不稳定的症状会进一步的加重。
有可能会导致椎间盘的感染，如果无菌的观念不是很强，手术室的清洁程度不达标，在操作的过程中切口污染，会导致椎间盘的感染，是射频消融最严重的后遗症。
如果感染比较严重，可能会导致患者椎管的感染，如果在穿刺的过程中反复穿刺，容易使纤维环破裂，后期可能导致椎间盘的再突出，最严重的椎间盘感染会导致肢体的瘫痪，甚至会引起患者的死亡。