泌尿系结核最常发生在肾脏，也可以发生在膀胱。男性也可以出现在前列腺、精囊、附睾等部位，可出现相应部位炎症症状，如表现为肾炎、前列腺炎、附睾炎、膀胱炎等，可出现肾区疼痛、腰痛、尿频、尿急、尿痛等症状，同时也可以出现全身中毒症状，例如低热、盗汗、食欲减退、乏力、失眠等症状。
女性可以出现月经紊乱、闭经、不孕或者宫外孕，除全身症状外，主要表现为盆腔炎，可出现下腹疼痛。女性还可以出现输卵管、卵巢结核，以慢性盆腔炎为主要表现，因输卵管结疤，可以导致不孕和异位妊娠。