子宫内膜异位症的原因至今未有明确答案，一般认为是异位种植所引起，也有认为是体腔上皮分化、遗传、免疫调节异常和炎症等因素造成。第一、异位种植。女性来月经时子宫内膜腺上皮和间质细胞可随经血逆流，经输卵管进入盆腔，种植于卵巢和邻近的盆腔腹膜，并在该处继续生长蔓延，形成盆腔内异位。子宫内膜也可以通过淋巴及静脉向远处播散，发生异位种植。第二、遗传因素。子宫内膜异位症具有一定的家族聚集性，某些患者的发病可能与遗传有关。第三、免疫与炎症因素。免疫调节异常对于子宫内膜异位症的发生、发展各个环节起重要作用，表现为免疫监视功能，免疫杀伤细胞的细胞毒性作用减弱，而不能有效清除异位的子宫内膜。子宫内膜异位症与某些炎症，如腹膜炎有关，表现为腹腔液中有巨噬细胞、炎性细胞、生长因子，促血管生长物质增加，从而促进异位内膜存活。第四、其他因素。环境因素也有可能提高子宫内膜异位症的发生率，血管生成因素也可能导致子宫内膜异位症的发生，腹腔液中血管生长因子增多，可导致盆腔微血管生长增加，引发子宫内膜异位症。此外，异位内膜细胞凋亡减少，也可能与疾病进程有关。