新型冠状病毒感染对呼吸道的影响，可见于在肺脏呈现不同程度的实变。实变区主要呈现弥散性的肺泡损伤和渗出性的肺泡炎，肺泡腔内可以见到浆液、纤维蛋白性渗出物以及透明膜形成，小支气管和细支气管黏液栓形成。
新型冠状病毒感染病程较长的病例，可见肺泡腔渗出物机化和肺间质纤维化。因此，可以出现干咳、呼吸困难、低氧血症等，严重时可以出现呼吸窘迫综合征。进而发展为脓毒性休克、难以纠正的代谢性酸中毒和出凝血功能障碍及多器官功能衰竭。极少数患者，还可以有中枢神经系统受累及肢端缺血性坏死等表现。