儿童孤独症治疗主要是康复训练和药物治疗辅助为主，儿童孤独症的主要表现是语言发育障碍、社会交往障碍，以及刻板重复的行为，有的患者可以伴有智力障碍，以及癫痫的发作，有些可以出现精神症状。在治疗上需要用模块化的训练，语言可以通过语音训练，行为可以通过行为矫正，还有社会交往方面通过游戏，促进社会交往能力的发展，可以反复训练，或者到专门的训练机构来进行康复训练。
有的患者可以出现焦虑、冲动、激越等会症状，可以使用小剂量的抗精神病药来治疗，改善症状。有的患者可以出现智力障碍，一般来说治疗效果都比较差，经过系统长期的训练，自闭症、孤独症等患者的症状能够有所减轻。有些高功能的自闭症、孤独症，某些方面的能力经过训练有明显的改善和提高。