百日咳的典型患者，全程病程6-8周，临床病程可分为3期。一、卡他期，从发病开始至出现痉咳，一般1-2周。开始症状类似感冒，除咳嗽外，可有流涕、喷嚏、低热，也可只有干咳。当其他症状逐渐消失时，咳嗽反而加重，日轻夜重，渐呈痉咳状。二、痉咳期，一般为2-4周或更久。阵发性、痉挛性咳嗽为本期特点。咳十余声或数十声，直到咳出痰液或吐出胃内容物，紧跟着深长吸气，发出鸡鸣样吸气吼声。咳嗽剧烈时，可有大小便失禁，双手握拳屈肘、双眼圆睁、面红耳赤、涕泪交流，头向前倾、张口伸舌、唇色发绀等，表情极其痛苦。轻者一日数次，重者一日数十次，以夜间为多。当奔跑、进食、受凉、烟熏、哭吵等均可诱发，发作前一般无明显预兆。三、恢复期，一般1-2周。咳嗽发作次数减少，程度减轻，不再出现阵发性痉咳。但若遇到浓烟刺激或有呼吸道感染时，可以重复出现阵发性痉咳。