成年人的百日咳潜伏期是5-21天，一般7-14天。典型患者全病程为6-8周，临床的病程可分为三期。卡他期是从发病开始出现痉咳，一般1-2周，开始的症状类似于感冒，除了咳嗽之外，还有流涕、低热、喷嚏，也可只有干咳。当其他症状完全消失的时候，咳嗽反而加重，日轻夜重，并体现痉挛性的咳嗽。痉咳期一般为2-4周，或者更久，阵发性、痉挛性的咳嗽为这个时期的特点。发作的时候，咳嗽一串一串的出现，咳十声或者是咳数十声，直到咳出痰液或者吐出胃内容物。一般紧跟着深长吸气，发出鸡鸣样，以及气吼的声音。咳嗽剧烈的时候，可能会伴有大小便的失禁、面红耳赤、头向前倾、张口伸舌、唇色可能会有发绀、表情很痛苦。恢复期一般是1-2周，咳嗽发作的次数相对减少，程度减轻，不再出现阵发性的痉挛性咳嗽。但是遇到浓烟等刺激，或者有呼吸道的感染，又可以反复出现阵发性的痉挛性咳嗽。