怀孕40天的时候可以进行B超的检查，尽可能是以喝水憋尿的腹部彩超为准，可以减少彩超对胎儿的辐射性。同时在进行B超检查的时候，孕囊可能会比较小，可能不足1cm或者在0.8-0.9cm左右，尽可能也是在7-10天左右需要做一个彩超确保胎儿的稳定和健康。
如果怀孕40天的时候，月经周期以前是不规律的，存在30-35天左右来一次月经，甚至可能存在有40天来一次月经，这个时候由于月经存在有推迟，不建议进行B超的检查，因为时间太早没有办法及时发现孕囊，尽可能按照自己推迟的时间再推迟10天左右进行B超检查，就可以判断出宫腔里边有没有孕囊。