对于肠炎的治疗，主要是以临床上普通的急性肠炎来说明。首先选择敏感的抗菌药物进行运用，如喹诺酮类抗菌药物，常用的有诺氟沙星或者左氧氟沙星等等，如果口服药物效果欠佳，还应当给予静脉滴注的治疗，可以选择第三代头孢菌素或者喹诺酮类药物，如左氧氟沙星注射液、头孢曲松、头孢哌酮舒巴坦等。
如果临床上出现比较明显的腹痛症状，还应当给予解禁药物的应用，而静脉或者滴注用的药物有间苯三酚等，如果患者出现比较明显的腹泻症状，还可以口服蒙脱石散来进行缓解腹泻的症状，而对于患者出现高热的情况还应当给予适当的补液，同时应用降温的药物。
常用的降温药物有口服布洛芬混悬液、经肛门应用吲哚美辛栓。还可以用毛巾擦拭颈部、腋窝、腹股沟等大血管丰富的地区，另外酒精的物理降温也有一定的很好效果。