大多数肠息肉是良性病变，不会危及生命，但也有一部分的息肉会发生癌变倾向，需要及时的治疗。息肉的治疗一定要遵循息肉治疗原则，不要盲目切除息肉。息肉的治疗方法主要是通过内镜或者手术的方法予以切除。第一、就是内镜治疗。内镜治疗是切除肠息肉，尤其是结肠息肉的最常用方法，最适用于有蒂息肉。
内镜息肉切除的方法很多，应根据息肉的部位、大小、形态、有蒂或者无蒂等选用不同的治疗方法。近年来随着内镜治疗技术的提高，结肠镜内镜切除的手段越来越多，适应症也越来越扩大。一般来说，对于较大的有蒂或亚蒂息肉，直径2cm的可直接用高频电的圈套器套住息肉根部一次性进行切除，大于2cm的宽基里的息肉可分次摘除，或用尼龙绳套扎。
扁平无蒂息肉的可以采用内镜下黏膜切除术，也就是EMR方法切除。在基底部黏膜下层分点注射肾上腺素盐水，待病变隆起后，即圈套切除，既可预防出血和穿孔，又达到了治疗的目的。对于小于0.5cm的息肉，直接用活检钳取，或者用氩气激光电凝的方法治疗，安全快速。内镜下切除息肉一般要收回，并送去病理标本。
第二、就是手术治疗，息肉及息肉病的手术治疗一般包括局部切除、肠段切除、结肠次全切除和全结肠切除、全结肠及直肠切除等。现在随着内镜下治疗技术的普遍和提高，手术治疗已经很少应用。
