病毒性发烧和细菌性发烧其主要不同是感染的病菌类型不同，发病特点也有所区别。
病毒性发烧具有明显的群体发病特点，短期内会传染给周围的人群。而细菌性发烧主要是散发性发病，单独发病，一般不具有传染性。病毒性发烧一般流鼻涕症状和咽喉症状比较明显。而细菌性发烧，主要是扁桃体和咽喉红肿疼痛比较明显。另外，病毒性发烧还会伴有腹泻，眼结膜充血等症状。病毒性发烧一般没有脓性的分泌物，而细菌性发烧会出现脓痰等比较严重的表现。
从症状上可能无法彻底判断是病毒性发烧还是细菌性发烧，我们也可以通过血常规化验检查来明确。如果检查中发现血细胞增高，中性粒细胞和白细胞都升高，那就说明是细菌性发烧。如果检查发现白细胞降低，淋巴细胞增高，那就说明是病毒性感染的原因。