肛门内部是黏膜组织，不建议直接对肛门内部黏膜进行清洗，可以使用温盐水或高锰酸钾对肛门局部进行清洗、坐浴，以达到清洁肛门的目的，也可以在洗澡时用淋浴喷头冲洗肛门。
如果直接对肛门内部黏膜进行清洗容易造成黏膜损伤，出现黏膜充血、水肿、感染，操作不当会造成黏膜破裂、出血，导致患者产生肛门区坠胀、疼痛，甚至会引起痔疮、肛裂、肛窦炎等合并症。如果有肛门内部不适、瘙痒、坠胀或出血，可以使用痔疮栓肛门塞入或痔疮膏肛门区局部涂抹，达到缓解瘙痒症状的目的。