治疗尖锐湿疣的药物有内用药物和外用药物，外用药物最主要，有0.5%的足叶草酯毒素酊，适用于任何部位的皮损，治愈率比较高，孕妇禁用。10%-25%的竹叶草酯酊刺激性较大，要注意保护病变周围正常的组织，孕妇禁用。50%的三氯醋酸或二氯醋酸液也有腐蚀性，需要保护疣体周围正常的组织，半枝莲膏是中药制剂。还有5%的咪喹莫特，有刺激性，以及派特灵等。内用的药物可以配合使用干扰素，如α或β重组干扰素、白介素-2转移因子、胸腺肽等。
目前并没有迅速根除人乳头瘤样病毒感染的方法，治疗主要是为了祛除疣体、改善症状和体征。药物治疗可以使疣体消除，也可以预防尖锐湿疣的复发，但应注意药物的禁忌症。