强直性脊柱炎与HLA-B27有比较强的关联。约90%的强直性脊柱炎患者存在HLA-B27阳性反应，而在正常人中其阳性率仅为7%左右。但是并不意味着HLA-B27阳性的患者都会患有强直性脊柱炎。
在HLA-B27阳性的人群中，约有20%会发生强直性脊柱炎，或者其他血清阴性脊柱关节病，如Reiter综合征是60%-80%的阳性率，而银屑病关节炎累及中轴时其阳性率为50%左右，所以血清阴性脊柱关节病与HLA-B27有密切关系。
但是并非绝对相关，如果在近亲属中有强直性脊柱炎患者，HLA-B27阳性者发生强直性脊柱炎危险度高达20%，而阴性者发生强直性脊柱炎的危险几乎为0。