做人工流产最好的时间是根据孕囊大小决定流产时间，因为每个人的月经周期不一样，所以根据停经时间计算孕周，有时会不准确。还有的人月经周期不正常，周期较长或者较短，不能按照停经时间计算。在人工流产以前一定要做B超检查确定宫内妊娠，排除宫外孕。
孕囊平均径线在1-3cm之间做人工流产最合适，因为这时孕囊比较小。流产大约在3-5分钟会结束，所以对病人的损伤最轻，疼痛也比较轻，大约在怀孕40-60天之间。如果怀孕时间过长，孕囊偏大，做人工流产会增加手术难度，增加并发症的发生。