单精子注射的主要缺点仍然集中在安全性方面，单精子注射的确给男性的不育带来革命性的变化，在临床应用上单精子注射仍然缺乏足够、有效的资料来证明其安全性。
单精子注射是通过显微操作，把自然情况下很难受精的精子直接注射到卵细胞内，免去了自然受精过程对精子的筛选。因此，应该被淘汰无法发生自然受精的精子完成了受精，可能会对卵子造成一定的损害，逃避了自然选择的精子，可能会把遗传缺陷遗传给下一代，所以就对单精子注射的安全性和危险性造成了影响。
目前关于单精子注射的研究主要集中在两个方面，一个是对卵子的损害，另一个是对精子基因缺陷的遗传的问题。所以，单精子注射前一般都要进行染色体检查和遗传咨询，移植前诊断和产前的诊断可能避免严重畸形的出生，以排除遗传病的发生，对优生优育是非常有重要意义的。