男性支原体阳性时出现会阴部或下腹部隐痛症状，多数病人在射精时会发现射精后疼痛症状或射精后尿道不适症状。男性支原体阳性还会引起精子生成障碍，导致精子畸形率升高、精子活动率下降，还会导致精子不液化，病人射精时会发现精液呈果冻样改变。
男性支原体阳性还会引起支原体性尿道炎，病人会出现尿道发痒、尿道隐痛和尿道稀薄分泌物。男性发生支原体阳性时，需要及时到泌尿外科就医。通过药物规范的治疗，多数男性支原体阳性症状会得到彻底治愈。