肝癌相关的肿瘤标志物很多，但是在临床上常用的不多，在临床常用的包括甲胎蛋白、甲胎蛋白异质体、异常凝血酶原、高尔基蛋白体，以及α-糖苷酶，上述标志物在临床上运用的比较多，而且针对肝癌诊断的准确率和有效率也相对比较高，但并不能通过肿瘤标志物，判定是否有肝癌。
肝癌的诊断更主要的是靠影像学检查，肝癌确诊需要两项以上的影像学检查明确或单向的影像学确定，并且结合甲胎蛋白明显的升高才能进一步的确诊。所以，更主要的是看影像学检查结果，看肝癌的肿瘤具体在肝脏的位置、大小及是否侵犯血管，进一步判定肝癌目前的分期和严重程度。