幼儿夜哭的原因可能有很多种，最常见的原因可能是由于缺乏维生素D和缺钙所导致的佝偻病。在佝偻病的早期可以出现神经精神症状，主要表现为夜间睡眠不安、哭闹、烦躁、多汗等非特异性症状，也可以出现明显的易激惹现象。
另外，幼儿半夜哭闹也可以有消化系统的疾病，比如消化不良引起的腹胀、腹痛，甚至是腹绞痛，这些情况常常会导致夜间哭闹。还有一部分宝宝是因为有睡眠障碍性疾病，比如夜惊、梦魇等睡眠障碍的发生，主要和白天所经历的不良环境因素、特殊刺激，以及本身焦虑的性格有关系。