外擦治疗尖锐湿疣的药很多，首先是一类具有腐蚀性或细胞毒性的药物，代表性的是鬼臼毒素酊。这是一种中药提取的具有细胞毒的外用制剂，外用于尖锐湿疣局部之后可以使尖锐湿疣的病变细胞发生损伤、坏死，疣体逐渐的脱落。
它对比较小的尖锐湿疣治疗效果比较确切，但是要保护好周边正常的皮肤。与此类似的还有5-氟尿嘧啶软膏，也具有一定的细胞毒和腐蚀性的药物，另外就是相对刺激性小、比较安全的药物，代表性的有咪喹莫特乳膏，它可以刺激局部产生干扰素抗病毒，小的疣体可能会使其消退。此外，像干扰素凝胶、酞丁安等，也可用于治疗尖锐湿疣。