根管再治疗也就是进行过根管治疗以后，根尖的炎症并没有被控制，或者出现其他原因而需要再治疗。根管再治疗的生物学原则和根管治疗一样，需要彻底清除根管系统内的微生物并严密充填，治疗已经产生根尖周疾病，预防健康根尖周组织的疾病发生。根管再治疗的基本步骤和根管治疗一致，需要进行开髓，髓室预备，进入根尖部的疏通根管，根管再预备，根管消毒以及根管再充填。
与根管治疗不同，根管再治疗需要去除牙冠上的充填体，也就是修复体。然后再去除根管内已有的充填材料，根管桩，在根管预备通道的建立以后，再进行根管预备、根管充填。往往根管治疗以后，出现牙齿疼痛、牙龈肿胀、瘘管、叩痛、压痛或者根尖周围的病变继续扩大，而引起的疾病。