呼吸道感染分为上呼吸道感染和下呼吸道感染，上呼吸道主要是鼻、咽、扁桃体等部位的感染，下呼吸道是气管、支气管、肺的感染。引起呼吸道感染的病原菌，包括病毒、细菌以及非典型菌，如支原体、衣原体、军团菌等。如果感染是由病毒引发的，无论是头孢还是阿莫西林都是抗生素，抗生素只针对细菌有作用，因此病毒感染，吃头孢和阿莫西林都是无效的。
如果是细菌感染，则需要根据可能感染的病原菌用药，如果是非典型菌感染，如支原体、衣原体、军团菌等，无论是使用头孢还是阿莫西林，针对这些非典型菌，没有抗菌活性，因而使用头孢和阿莫西林，对非典型菌的感染也是无效的，而应该使用大环内酯类、四环素类或者喹诺酮类的药物进行治疗。
对于细菌感染引起的急性上呼吸道感染，或者轻症的下呼吸道感染，使用头孢或者阿莫西林都可以。但是对于有一些耐药病原菌，或者是革兰氏阴性杆菌，可能使用的药物还需要加强，尤其是对于严重的下呼吸道感染患者。