生殖支原体阳性严重，生殖支原体阳性时会影响精子发育和精子成熟，会导致精子畸形率升高，会影响精子活率和精液液化时间。
由于生殖支原体阳性会引起前列腺炎，当发生慢性前列腺炎时会导致蛋白水解酶和纤维蛋白酶分泌减少，会导致病人出现精子不液化现象。生殖支原体阳性还容易传染给对方，引起女性卵子分泌减少，会导致受精过程困难，会出现流产或早产现象。