同型半胱氨酸代谢过程中的任一环节出现障碍，均可导致高同型半胱氨酸血症，常见的原因包括遗传因素、饮食因素、营养因素和个体因素等。遗传因素。高同型半胱氨酸血症具有遗传性，主要与代谢过程中多种酶和辅助因子参与有关。饮食营养因素，高蛋氨酸膳食是高同型半胱氨酸血症的重要因素，摄入过多的蛋氨酸会导致同型半胱氨酸水平的升高，叶酸、维生素B6、维生素B12摄入不足，影响同型半胱氨酸代谢关键的酶活性，导致同型半胱氨酸升高。性别、年龄、种族、合并疾病和用药也对同型半胱氨酸增高有影响，例如肾功能不全联合使用甲氨蝶呤、避孕药、烟酸以及利尿剂会使同型半胱氨酸水平升高。