肛门疣是由于病毒感染而造成的，具有很强的传染性，在治疗时可以适当的用一些抗病毒的药膏，包括人干扰素软膏以及咪喹莫特乳膏等，这些药膏对于肛门湿疣有着很好的治疗效果，同时对于人乳头瘤病毒有着很好的抑制作用。在选择外涂药膏治疗的同时，还可以口服一些消炎药物配合治疗，包括青霉素片、头孢拉定，以及匹多莫德口服液等药物。
除此之外，一些中药成分也可以有效的治疗肛门疣的症状，比如成分包括白芷、马齿苋、红花、秦皮、香附、赤芍以及木贼等。实际上，无论是使用外涂药膏还是口服消炎药物，对于肛门疣的治疗都会比较缓慢，目前最快速有效的方法是使用激光切除或者冷冻疗法。