胃肠失调功能紊乱也就是通常所说的功能性胃肠病，其主要的调理和治疗是要积极的寻找并去除触发因素和对症治疗，要强调综合治疗和个体化的治疗相结合的原则。还要详细的询问病史，以求发现其触发因素，并设法去除，要告知患者功能性胃肠病的诊断，并详细解释疾病的性质，告知该疾病属于良性疾病，一般对生命没有太大的影响，以解除患者的顾虑、提高对治疗的信心，调理方法如下：
第一、教育患者建立良好的生活习惯，饮食上要避免诱发症状的食物，要因人而异，避免辛辣刺激、油腻的食物，一般要避免产气的食物，比如大豆、乳制品，可以适当进食高纤维的食物，有助于改变便秘，对于失眠和焦虑的患者，可以适当给予镇静的药物。
第二、要针对主要的症状给予药物调理，如果有腹痛表现可以口服解痉的药物，比如匹维溴铵，如果有腹泻，可以给予蒙脱石散或者洛哌丁胺，如果便秘比较明显，可以口服缓泻剂，比如乳果糖口服液或者聚乙二醇，有明显的精神因素者，可以有针对性的给予抗抑郁和抗焦虑的药物进行治疗。
第三、可以给予肠道菌群的调节药物，可以有效的改善腹痛、腹胀的症状。