一般婴儿吃益生菌的时间要根据益生菌的治疗目的决定，一般时间为1-2周。
目前益生菌的好处，一般认为可以抑制有害细菌，能够增强肠道免疫力，调整正常的有益菌群。还可以促进营养物质的吸收，减少部分过敏性疾病发生。益生菌虽然对于改善婴儿的肠道环境有很好的作用，但是一般不建议长期服用。如果孩子本身有消化功能紊乱，需要给予益生菌进行调理，一般持续时间1-2周基本就可以。如果孩子没有其他不适，主要是因为吃了抗生素，需要给予益生菌调理肠道菌群，一般在停止应用抗生素后再吃3-5天就可以。
婴儿吃益生菌的同时，建议适当注意饮食习惯，养成少吃多餐的习惯，避免消化不良和腹泻情况，并且吃益生菌应适度，不可过量。