正常情况下，胚胎发育过程当中两侧副中肾管融合，形成子宫。如果在胚胎发育过程当中，副中肾管融合出现了问题，则会出现子宫畸形，不全纵隔子宫Y型就是子宫畸形的一种。
通常两侧的副中肾管在融合过程当中发现了问题，融合不全，会出现子宫当中有不全的纵隔。这种不全纵隔可以将子宫分为两部分，也就是说两个子宫中间有一个不全的膈，形成像Y型一样的两个宫腔，而这两个宫腔在宫颈部位完全融合，形似Y，这是子宫畸形的一种。