怀孕50天孕酮低要看孕酮是有多低，还要看是有什么样的临床症状，首先不建议对于早孕期的女性常规进行孕酮的检测，因为在早孕时期孕酮的分泌是呈波动性的，并不是一个稳定的数值，有时今天查了偏高，明天又会偏低，后天又会升高一些，这都是正常现象，所以如果孕酮不是很低，不需要进行处理，尤其是病人如果没有腹痛、没有阴道出血等不良妊娠症状的情况下，是不建议做孕酮检测的。
如果孕酮低于5个单位以下，就要充分考虑有胚胎停育的可能性，所以孕酮低往往是由于胚胎发育不良所引起的结果，而并不是一个原因，所以如果孕酮非常低，要考虑有胚胎停育的可能性，结合超声检查来进行判断后，必要时要进行清宫手术，怀孕50天这时可以通过超声，很清楚的看到宫腔内的妊娠囊和胎心搏动，所以更加不需要通过孕酮来判断胚胎的生长发育情况，做一个B超只要看到了有正常的妊娠囊，若胎儿存在有很好的胎心搏动，就说明胚胎生长发育是良好的。