肠胃功能紊乱的治疗，主要是积极的寻找并去除触发因素以及对症治疗，要强调综合治疗和个体化治疗相结合的原则。肠胃功能紊乱主要是因为生活、饮食不规律，生活压力比较大，以及睡眠差、情绪因素，比如焦虑、抑郁等因素导致了肠道运动不协调，常常表现为大便次数增多、便秘、阵发性腹痛、消化不良等。首先在治疗上要详细的询问病史，要明确是否有触发因素，予以去除这些因素。其次还要详细的解释疾病的性质，解除患者的顾虑，提高对治疗的信心，教育患者建立良好的生活习惯，饮食上避免诱发症状的食物，比如一些乳制品、大豆、高纤维食物，可以用来改善便秘，对失眠和焦虑者可以适当的给予镇静的药物。
此外，对症治疗方面，如果患者经常有腹部的疼痛，可以给予胃肠解痉的药物，比如匹维溴铵，可以选择性的作用于胃肠道平滑肌的钙拮抗药，可以较好的缓解腹痛的症状。如果反复的出现腹泻可以给予蒙脱石散、复方谷氨酰胺胶囊，以及洛哌丁胺等药物来止血治疗。对于有便秘的患者可以适当的给予缓泻剂，比如乳果糖口服液来改善便秘的症状。有明显的抑郁或者焦虑的患者，也可以给予相关的一些调节情绪因素的精神类药物进行改善。同时症状严重、比较顽固者，一般治疗和药物治疗无效者要考虑给予心理、行为治疗，包括心理治疗、催眠的话和生物反馈疗法等。
