妊娠期间甲状腺功能减退症的主要原因有以下三个方面：
第一、甲状腺自身性疾病，又称原发性甲状腺功能减退症，包括自身免疫性甲状腺炎、抗甲状腺药物治疗以后碘缺乏、甲状腺手术或放射性碘治疗以后甲状腺功能减退症，其中最多见的是自身免疫性甲状腺炎。
第二、下丘脑垂体病变，下丘脑垂体病变的造成甲状腺功能减退症，又称为继发性的甲状腺功能减退症。
第三、长期口服一些影响T4吸收、转化或者加速T4清除的药物，也可以引起妊娠期甲状腺功能减退症。