小腿肌间隙血栓的消除主要是避免剧烈运动、卧床休息以及避免下肢的按摩，同时避免辛辣食物、戒烟戒酒，可以给予抗凝药物治疗。
临床上多采用利伐沙班口服治疗3-6个月，抗凝后定期复查静脉彩超，当血栓消失后可以转用抗凝治疗维持一个月。在治疗过程中建议穿弹力袜辅助治疗，可以避免肌间隙血栓加重，同时避免肌间隙血栓的复发。
对于肌间隙的血栓，建议进行肺动脉CTA的筛查，因为很多肌间隙血栓的主干血栓已经发生脱落到肺动脉，因此建议肌间隙血栓的患者进行肺动脉栓塞筛查。
如果证实同时存在肺拴塞，严重的要给予介入治疗，轻的要口服抗凝药物的时间加长，一般要6-12个月，同时要定期复查。