巧克力囊肿多发生在卵巢上，是卵巢上一般5cm左右大小的，甚至大的可以到10-20cm大小的囊肿，内含巧克力样糊状的陈旧性的血液，囊肿的表面呈为灰蓝色。
这种女性有下腹痛和痛经，是继发性的痛经，且呈进行性的加重，40%伴有不孕，不孕的原因主要是盆腔微环境的改变，影响精卵的结合及运行，免疫功能的异常等等。再就是性交不适，因为盆腔的粘连导致性交困难或者明显的不适，月经来潮前性交痛最为明显。还有月经异常，还有其它部位的巧克力囊肿。