咬肌间隙感染的治疗早期以全身抗感染治疗为主，在脓肿形成后可行脓肿切开引流术，对患处进行彻底的死骨清除或患牙拔除，有根治的作用，还可以通过红外线和紫外线进行治疗。
一、药物治疗
1、青霉素：适于细菌感染导致的咬肌间隙感染，属于广谱抗生素，对多数细菌有较强的杀菌作用，适于合并感染者，主要通过静脉注射，每次用药前均需试敏，避免出现过敏的不良反应。
2、头孢克肟：适于细菌感染导致的咬肌间隙感染，属于头孢菌素类抗生素，具有广谱抗菌作用，适应范围广，对细菌有很好的杀伤作用。不良反应不常发生，即使发生，也较温和且短暂。
3、鱼石脂软膏：是一种有效的消毒防腐药，温和低刺激，能消炎、防腐及消肿。鱼石脂遇酸生成树脂状团块，与碱性物质配伍可放出氨气，故忌与酸、碱性药物等配合使用。本药不得用于皮肤破溃处，连续使用不超过1周。本药还可能引起接触性皮炎，因此，涂抹部位如有灼烧感、瘙痒、红肿等，应停药洗净。
二、手术治疗
1、脓肿切开引流术：咬肌间隙感染一旦脓肿形成应及时引流，临床常用口外途径切开引流。口外切口从下颌支后缘绕过下颌角，距下颌下缘2cm处切开，切口长约3～5cm，逐层切开皮下组织，颈阔肌、以及咬肌在下颌角区的部分附近用骨膜剥离器，由骨面推起咬肌进入脓腔，引出脓液，冲洗脓腔后填入盐水纱条引流。次日交换敷料时抽去纱条，换置橡皮管或橡皮条引流。
2、死骨刮除术：如有边缘性骨髓炎形成，在脓液减少后应早期施行死骨刮除术，术中除重点清除骨面死骨外，不应忽略咬肌下骨膜面附着之死骨小碎块及坏死组织，以利创口早期愈合。
3、拔牙：咬肌间隙感染缓解或被控制后，应及早对引感染之病灶牙进行治疗或拔除。通过将患牙拔出，缓解周围症状，避免波及邻牙。
三、物理治疗
1、红外线治疗：红外线可穿过皮肤，直接使肌肉、皮下组织等产生热效应。加速血液物质循环，增加新陈代谢、减少疼痛、增加肌肉松弛、产生按摩效果等。
2、紫外线治疗：紫外线照射感染创面，可直接杀灭病原体或改变微生物生存环境，抑制其生长繁殖。紫外线照射区血管舒张，局部营养状况改善，可使炎症介质加快清除，缺氧和酸中毒情况得到缓解，有明显的镇痛效果。