霉菌性鼻窦炎的手术过程和普通鼻窦炎没有太大的区别，都是在鼻内镜下进行鼻窦的开放手术。通常霉菌性鼻窦炎可能在单个鼻窦发病，也可能在全组鼻窦发病，根据病灶所在的鼻窦，在鼻内镜下将鼻窦的窦口开放引流，同时要将窦内的病灶，也就是霉菌团、霉菌块完全清除干净，再进行窦内的冲洗，保证没有霉菌残留，也保证术后窦口开放引流的通畅，这样能避免霉菌性鼻窦炎术后的复发。
当然，有些患者还会存在复发的可能性，术后要加强随访。一旦复发，可以早期手术，再次进行清理，通常霉菌性鼻窦炎的术后效果都很好。