早上起来起床有眼屎是病原微生物侵入了结膜而造成的局部感染的症状，根据眼屎的性状，可以初步判断致病病原微生物的种类来采取相应的治疗：
第一种，如果患者眼红，分泌物呈黄白黏脓性，考虑是细菌性结膜炎可能性大，治疗上要局部滴用左氧氟沙星眼药水来进行治疗。
第二种，如果眼红，分泌物呈稀薄水性，考虑是病毒感染可能性较大，治疗上要使用更昔洛韦眼用凝胶来进行治疗。
在治疗期间患者要清淡饮食，不要食用羊肉、辛辣等食物，避免加重病情，经过上述治疗大概7-10天，症状会逐步的缓解。