做肠镜感染艾滋病，应该立即应用阻断药，最好是在两个小时之内应用阻断药，如果不能保证在两个小时之内应用阻断药，也一定要在72小时之内应用阻断药，目前在各大城市，疾控中心及专门治疗艾滋病的医院都有阻断药。
通过肠镜感染艾滋病，主要是因为与艾滋病病人共用了一个肠镜，且未经过严格的消毒，所以做肠镜检查一定要在规范的医疗机构。目前我国艾滋病的传染主要是以性生活传播、血液途径传播和母婴垂直传播，其中性生活感染的比例占艾滋病感染者的90%以上，另外就是血液途径传播，肠镜检测就是通过血液途径，因为有破损的黏膜而感染。