肛门周围脓肿分为非手术治疗和手术治疗两种方案，非手术治疗主要是采用抗生素抗感染和对症治疗，抗生素的选择，一般选择以革兰氏阴性杆菌有效的抗生素，如果肛周脓肿严重，使用抗生素剂量需要大，常用的抗生素是第二代头孢类和氨基糖甙类。
对症治疗，可以选择用温水坐浴，或者是高锰酸钾兑水坐浴，配合理疗热敷，涂鱼石脂软膏等，如果疼痛严重还需要服用镇痛药物。手术治疗是切开引流，把里面的脓液引流出来，根据肛周脓肿位置不同，一般选择的是肛周脓肿周围切开引流术，如果脓肿长在肛门括约肌间隙，脓肿切开的时候要切开肛管上皮，肛门内括约肌，清洗脓腔，冲洗引流。