细菌性阴道病和霉菌性阴道炎的区别有以下几方面：
1、感染的病原菌种类不同：细菌性阴道病是厌氧菌感染为主，主要是阴道内菌群紊乱，导致产生过氧化氢的乳酸杆菌减少，而以加德纳菌等厌氧菌感染为主。而霉菌性阴道炎感染的病原菌为假丝酵母菌，属于条件致病菌。
2、临床症状不同：细菌性阴道病主要是以白带增多，异味为主，而霉菌性阴道炎是以瘙痒为主。细菌性阴道病，阴道黏膜无炎症变化，白带性状稀薄均质，镜检可以发现线索细胞，而霉菌性阴道炎阴道黏膜表现为充血、水肿，分泌物呈豆渣样，镜检可以见到芽生孢子和假菌丝。
3、治疗方法不同：细菌性阴道病治疗方法，是以甲硝唑或者替硝唑等抗厌氧菌的药物为主，可以选择局部用药或者全身用药，以一周疗法为好。而霉菌性阴道炎则需要根据临床分类，采用不同的抗真菌治疗措施。单纯性的霉菌性阴道炎，是阴道的局部短疗程用药为主，也可以选择口服治疗。而复杂性的霉菌性阴道炎，则需要根据具体情况，不论选择局部用药还是全身用药，均需要延长治疗时间2-3倍。
所以对于细菌性阴道病和霉菌性阴道炎，可以通过白带的性质、阴道黏膜的变化和显微镜下的表现，做出明确的鉴别和诊断，从而选择不同的药物进行治疗。