宫颈纳氏囊肿一般不会癌变，宫颈纳氏囊肿主要是由于子宫颈的生理性变化。子宫颈转化区的鳞状上皮取代了柱状上皮的过程当中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈管口，或者沉到入到腺管，将腺管口堵塞，导致了腺体分泌物引流受阻，形成了潴留囊肿，也叫纳氏囊肿。
这种囊肿可以导致表面呈现多发性的纳氏囊肿，一般不需要处理。但是深部的子宫颈腺囊肿表面看起来无异常，也呈现子宫颈肥大，有可能需要与子宫颈腺癌进行鉴别。