老是半夜咳嗽要排除支气管哮喘、咳嗽变异性哮喘、支气管炎肺炎等疾病，要到医院完善胸部CT、肺功能、支气管激发试验等，明确和鉴别诊断才能够找到病因，进一步对症用药治疗。
半夜咳嗽还有可能属于慢性咳嗽，排除是否有反流性食管炎或者鼻后滴漏综合征，因为夜间睡觉的时候属于平卧位，咽喉以及气道是打开的，这时这两种疾病也会引起半夜咳嗽。
需要注意鉴别诊断，可以行鼻咽镜检查、鼻窦CT检查、胃镜检查鉴别诊断。