克拉霉素有一定的副作用，但副作用的大小因人而异。有些患者服用克拉霉素以后没有明显的不良反应，有些患者服用克拉霉素以后会出现严重的不良反应，比如可能会出现过敏性休克、意识模糊等。
克拉霉素常见的不良反应，有消化系统的不良反应，比如恶心、呕吐、食欲不振、胃脘部的灼热感、腹痛、腹泻等，还有神经系统的不良反应，比如头晕、头痛、焦虑不安、失眠，可能会出现幻觉或者意识模糊等。还有患者会出现过敏反应，比如出现皮疹、荨麻疹，甚至比较严重的会出现过敏性休克等。克拉霉素经常用来治疗阳性球菌，还有支原体、衣原体等不典型病原菌引起的感染。