如果小结石不能自行排出体外，可以通过药物辅助排石或者手术取石的方式进行处理，应用的药物主要包括净石灵胶囊、肾石通颗粒，以及盐酸坦索罗辛缓释胶囊等。如果辅助排石仍然达不到治疗效果，需要进行手术碎石取石。
对于具体采用哪一种手术方式，要根据患者结石的具体位置和结石的大小等进行综合考虑。如果结石位于肾脏，一般采用输尿管软镜碎石手术。如果位于输尿管，一般采用输尿管硬镜碎石手术。如果位于膀胱或者尿道，一般用膀胱镜进行碎石手术。