孩子引起脑炎的原因，是由于全身性的病毒感染进入中枢神经系统引起的脑炎。病毒感染是否能进入中枢神经系统取决于病毒类型、病毒寄生部位及病毒与机体的免疫反应。引起中枢神经系统感染的病毒很多，大多可分为以下几类：
1、肠道病毒，主要是柯萨奇病毒和埃可病毒以及肠道病毒71型等。
2、疱疹病毒，包括单纯疱疹病毒、EB病毒、水痘-带状疱疹病毒。
3、虫媒病毒，如乙型脑炎病毒。
4、副粘病毒，包括麻疹病毒、风疹病毒、流行性腮腺炎病毒。
5、其它病毒，如人类疱疹病毒6型。
目前仅1/3-1/4的中枢神经系统病毒感染病例能确定病毒的种类，其中80%为肠道病毒，其次为虫媒病毒、腺病毒、单纯疱疹病毒、腮腺炎病毒和其它病毒等。虽然目前多数病毒尚难确定其致病的群体，但其从临床和实验室资料分析，可帮助判断急性颅内病毒感染的可能性。病毒进入中枢神经系统主要是扩散途径，有以下几方面：
1、沿神经进入，病毒进入体内后，经过初级复制侵入局部周围神经，然后沿神经轴索向中枢侵入，例如狂犬病毒、假狂犬病毒、脊髓灰质炎病毒、带状疱疹病毒和单纯疱疹病毒。
2、随血液进入，病毒从初始部位进入，如皮肤、结膜、呼吸道、肠道、泌尿生殖道，进入血液产生初级病毒血症，然后病毒血症血流扩散到全身器官，并再次复制，同时产生病毒抗体。此次为初级病毒血症，当病毒复制持续达到一定浓度，可经血-脑屏障侵入中枢神经系统而得脑炎。