灵芝孢子粉没有明确的服药时间规定，也就是饭前吃或者饭后吃都可以。从最佳服药时间的角度考虑，需要具体问题具体分析。灵芝孢子粉饭前服用，可以减少食物对药物吸收的影响，提高药物的生物利用度。
不良反应资料显示，偶有患者出现胃部不适、恶心、呕吐等胃肠道反应，对于出现胃肠道反应的患者权衡利弊，饭后服用会对患者更适宜。对于平素脾胃功能较弱的患者，从保护胃肠道的角度考虑，也可以饭后服药。现在研究发现，灵芝孢子粉具有增强机体免疫力、抑制肿瘤、保护肝脏、防辐射的作用，但对此药过敏者禁用。