肾小球微小病变的原因目前并不完全清楚，但可能和感染有关系，感染包括细菌感染、病毒感染、原虫感染等。肾小球微小病变是病理学的概念，在以前没有引入电镜的时候，做广镜检查，发现病人的肾脏没有明确变化，但是病人的临床症状又很重，大多数病人会有大量蛋白尿、低蛋白血症等，但这个时候做出来肾脏病理没有病变改变，所以称为微小病变。
后来引入电镜以后，才发现微小病变的病人足细胞的损伤很严重，所以这种情况下，才会出现病人大量蛋白尿的情况。原因考虑和感染有关，最常见的就是病毒感染，细菌感染和原虫感染也在其中发生作用，还有病人接触重金属以后，也容易出现微小病变，也属于原因之一。