有些口腔囊肿是发育过程中所造成，比如甲状舌管囊肿和鳃裂囊肿。如果在发育过程中甲状舌管不消失，由于残存的上皮分泌物聚集，可以形成先天性的甲状舌管囊肿。腮腺也是发育性来源，多是由于在胚胎发育过程中腮腺剩余组织所造成。
口腔的囊肿还有牙源性的颌骨囊肿，主要见于根尖囊肿和含牙囊肿，根尖囊肿的患者口内可发现龋坏、残根或者死髓牙，由于根管内的慢性感染刺激根尖区，导致根尖长期存在炎症，出现根尖囊肿。
口腔囊肿还包括软组织的囊肿，主要是皮脂腺囊肿，又被称为粉瘤，它是由于皮脂腺排泄管阻塞所形成的囊肿。