手指关节囊肿有自愈的可能，自愈概率的大小与囊肿的大小、患者的保养措施等有直接的关系。手指关节囊肿的发生大多是由于手指关节反复的活动，导致关节的肌腱、腱鞘劳损，也有可能是由于外伤导致的手指关节腱鞘破裂，局部关节液积聚并包裹形成囊肿。
在关节囊肿形成的早期，囊肿相对比较小，首先要避免手指关节的反复活动，尽量休息，再通过局部挤压挤破囊壁，并局部进行加压包扎，促进液体的吸收，囊肿会慢慢自愈。如果后期重复关节的劳损性活动，会有复发的可能。如果发生关节囊肿的复发或者关节囊肿比较大，一般自愈的可能性不大，需要通过手术切除进行治疗。