新生儿十二指肠梗阻手术风险并不是很大。任何的手术都存在一定的风险，而新生儿十二指肠梗阻手术是最常见的手术之一，手术也并不复杂，目前的发展也很成熟，大部分的孩子在进行手术之后，基本上没有后遗症，都很顺利的就恢复了。而目前十二指肠梗阻的疾病最好的治疗方式就是手术治疗，只有通过手术才能将不通的十二指肠重新接通，让孩子可以正常进食。