小儿发烧39℃，首先应该进行降温处理，可以进行物理降温，像少穿衣服、少盖被子、多喝温热的水，或者用温水擦拭身体，可以比较快速的缓解发热。但是这种办法相对持续时间比较短，所以要根据年龄给予退热药物，像对乙酰氨基酚或布洛芬类的退热药。
服药后一般半小时到一小时左右，体温就会恢复正常，但是一般也就是持续4-6小时，所以在发烧39℃的时候可以进行物理降温和药物降温。但如果这种状态仍然反复，一定要到医院进行进一步的检查，明确病因之后针对病因就是引起发热39℃的病因进行治疗，才能够彻底缓解发热的情况。单纯的降温处理可以缓解这种一过性的发热，但不去除病因，还是会出现反复发热。